줄거리
아폴로 11호의 달 착륙 흔적을 보여주며 시작한다. 정체불명의 무엇인가가 달 전역에 그림자를 드리우는데, 그것의 정체는 바로 거대 외계인 모선이었다.
한편, SETI에서 정체불명의 신호가 수신된다. 과학자들은 그 신호를 분석하여 신호가 달에서 오고 있다는 것을 알아낸다. 미 우주사령부의 분석팀은 여러 신호를 분석해서 신호를 발산하는 정체불명의 물체는 약 550km 정도의 크기에 달의 약 1/4 질량을 가지고 있다는 것을 알아낸다.그리고 이 사이즈는 조지 루카스를 빡치게 해 훗날 데스스타2 사이즈 불리기에 영향을 미친다 어차피 이제는 스타킬러 베이스때문에 의미없다 합참의장인 해병대장 그레이 장군은 운석이 아니냐며 묻지만, 이 정체불명의 물체는 운석이 아니며, 감속하고 있다는 보고를 받는다. 그레이 장군은 이를 국방장관과 대통령에게 보고한다.
모선은 점점 지구로 접근하면서, 급기야는 인공위성에 충돌할 정도로 진입한다. 점점 거리를 접혀오던 모선은 36대의 자선을 사출하고, 이 각각의 자선들은 인류의 주요 도시들로 향한다. 인공위성의 파괴로 민간 일부에서는 통신과 TV 방송 두절이 발생하기 시작하고, 거대한 자선들의 접근으로 인해 전 세계적으로 이상현상이 발생한다. 세계는 혼란의 도가니에 빠진다. 모습을 완전히 드러낸 자선들은 인류의 도시 상공에 정지한다.
초 거대 UFO의 등장으로 인해, 도시는 그야말로 아비규환의 상태에 빠진다. 이에 정부는 UFO가 있는 도심 지역에서 피난할 것을 권고하는 한편, 외계인과의 대화를 시도하려 한다. 외계인과의 의사소통을 위해 특수 전광판을 탑재한 미 육군 CH-54 헬리콥터를 워싱턴 DC 상공의 외계인 자선에 접근시키지만, 돌아온 것은 외계인의 무차별적인 공격이었다. 때마침 데이빗 박사가 파악한 외계인 통신 패턴 파악이 일제 공격으로 추측되어 외계인이 인류에게 적대적임이 밝혀지자 정부는 민간인 대피 명령을 그제서야 내리나, 외계인 자선의 공격으로 전 세계 대부분의 도시가 괴멸된다.
외계인의 공격으로 도시에 궤멸적인 타격을 받은 인류는 항공전력을 전부 결집해서 자선들을 공격하나, 미사일을 막아내는 배리어로 인해 자선들에 대한 공격은 실패하고, 벌떼같이 출격하는 외계 함재기에게 성능으로나 물량으로나 압도당해 자선 격침을 위해 출격한 전력은 궤멸당하고, 지상 기지 또한 외계인의 공습으로 엄청난 타격을 입는다.
이 와중 미합중국 해병대의 F/A-18 전투기 조종사 스티븐 힐러 대위는 쫓아오는 외계인 전투기 1대를 그랜드 캐니언 계곡으로 유인, 계곡 사이로 곡예비행하다가 절벽에 부딪히게 해 격추시키고, 외계인을 한방 먹이고 생포한다. 그리고 화풀이 대상으로 툭하면 두들겨 맞는다. 이후 밝혀지지만, 사실 미국은 로스웰에 추락한 외계인 전투기를 입수했었으며, 이를 연구하여 엄청난 과학 발전을 이루었다는 사실이 밝혀진다. 이후 외계인 기술에 능통한 51구역 연구진 주도로 생포한 외계인의 생체 의복을 제거하는 과정에 들어가지만, 외계인이 스스로 묶여 있던 포박을 풀고, 텔레파시로 박사의 정신 지배 공격을 해서 수석 박사가 난동을 피우는 바람에 수술실은 난장판이 된다.
이후 외계인은 박사의 입을 빌어서 자신을 해방하라고 명령하고, 대통령은 평화적인 의사소통을 시도하려 하나, 극도로 호전적인 외계인은 평화란 없다면서 급기야는 대통령에게까지 정신공격을 가한다. 대통령이 공격을 당하자 51구역 지휘관 미첼 공군소령과 경호원들이 외계인에게 총격을 가해 사살하고, 대통령은 외계인에게 정신공격을 당하면서 그들의 생각을 읽는다. 이 외계인은 우주를 약탈하면서 떠돌아다니는 족속들로, 자원이 고갈되면 다른 적당한 행성을 찾아 공격하는데, 그 대상이 지구였던 것이다. 이러한 사실을 알게 된 대통령은 외계인 자선에 대한 핵공격을 지시한다.
미 공군은 B-2 편대를 동원해 휴스턴의 자선에 핵공격을 실시하나, 자선의 배리어는 핵공격조차 간단하게 씹어버린다. 최후의 핵공격조차 무위로 돌아가고, 인류는 절체절명의 위기를 맞는다. 그 와중, 데이빗 박사는 아버지의 말에서 외계인 전투기에 컴퓨터 바이러스를 넣어서 배리어를 제거하는 발상을 떠올리고, 이를 성공시킨다. 외계인 전투기에 통하는 바이러스를 만드는 공돌이 이 바이러스를 외계인 모선에 퍼트리면 이와 연계되어 있는 모든 외계인 자선과 함재기 등의 방어막을 사라지게 할 수 있게 된 것. 그러나 정작 바이러스를 모선에 퍼트릴 수단이 없었으나, 외계인 전투기와 교전해 본 스티브 대위가 로스웰에 보관중이던 외계 전투기를 조종하겠다고 나서면서 해결되고, 작전은 일사천리로 진행된다.
스티브 대위와 데이빗 박사는 돌아가면 결혼 하겠다는 사망플래그를 깨고 로스웰에 보관중이던 외계 전투기를 타고 바이러스를 배포하기 위해 외계인 모선으로 향하고, 대통령과 레빈슨을 비롯한 파일럿들은 공격을 위해 일제히 출격한다. 외계인 모선으로 향한 일행은 자동항법장치의 도움을 받아 모선에 착함하고, 해킹툴을 설치해 외계 모선의 해킹에 들어간다. 해킹에 성공하였다는 소식에 인류의 항공 전력들은 미사일 공격을 감행하나, 아직도 외계 함선의 배리어는 건재한 상태였다. 이대로라면 작전이 실패할 게 뻔했기에 그레이 장군은 철수를 명령하나, 대통령이 독단적으로 추가 공격을 감행하여 배리어가 사라졌다는 것을 증명한다.
공격을 막던 무적의 배리어가 사라지자 자선은 미사일에게 타격을 입기 시작한다. 이에 외계인 측은 함재기를 전부 출격시키나, 함재기 역시 배리어가 사라진 상태였기에 미사일과 기총에 손쉽게 격추된다. 이에 전투는 인류 측의 승기로 기우는 듯 했으나, 거대한 자선을 공격하기엔 미사일의 화력이 부족했고, 벌떼같은 함재기와 교전하면서 미사일이 다 떨어져갈 위기에 놓인다. 게다가 자선은 대지공격용 빔포를 준비하는 절체절명의 위기에 놓인다. 대통령은 약점으로 추정되는 빔포 발사구를 노리고 미사일 공격을 가하나, 덮개에 빚맞아 불발되는 바람에 실패한데다 남은 미사일을 전부 소모해버렸다. 설상가상으로 외계인이 약점 방어를 위해 빔포 발사구를 다시 폐쇄하기 시작한다. 이에 미사일이 남은, 미 해군 예비역 조종사 출신인 러셀의 호넷이 공격을 시도하나, 러셀 기의 미사일 거치대가 고장나서 미사일이 발사되지 않게 된다.
러셀은 외계인 자선을 향해 육탄공격을 감행하고, 대 우주 결전병기 가미카제 지상공격을 위해 집속되던 빔이 러셀의 자폭공격에 유폭되어서 대폭발이 일어나고, 자선은 걸레짝이 되어 격침된다.
한편 거대 모선에 바이러스를 배포하는데는 성공했으나 외계인들에게 포위당해 옴짝달싹 못하는 상황에 놓인 스티브 대위와 데이빗 박사는 최후의 발악으로 해킹으로 해골 마크를 외계인 함선에 띄우고는, 가져온 핵미사일을 외계인에게 먹여준다. 핵이나 먹어라 이 외계 괴물아! 신묘하게도 핵미사일이 외계인의 관제탑을 관통하면서 일행의 전투기가 속박에서 해방되면서 스티브 일행은 모선의 문이 닫힐 찰나에 가까스로 탈출하고, 발사한 핵미사일이 내부에서 폭발하여 거대 모선 역시 소멸한다.
이후 미국 이외의 다른 지역에서도 외계인에 대한 승전을 거두었으며, 지구를 침공한 외계인은 엄청난 양의 우주 쓰레기를 남기고 전부 전멸한다. 스티브 일행 역시 무사히 지구에 귀환하고, 파괴된 자선과 지구에 떨어지는 거대 모선의 무수한 파편을 보여주며 영화는 막을 내린다.
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